А если заехать в КЗ по заграну, а оформляться на ВНЖ по внутреннему? Можно или нет?

Если в Вашей миграционке принимают по внутреннему. Насколько я знаю, то в Алмате только по заграну на ВНЖ принимают. А так да, можно, заехать по одному паспорту, а подавать по другому. Это не запрещено.

Мне кажется, что это зависит не от Вашего желания, а от мнения миграционного офицера. Например, в Алматы хотят видеть только загран и с внутренним паспортом у Вас просто не примут документы.