Если имею диплом бакалавра, какой процентный отрыв, если считать по балам, может быть у эквивалентной кандидатуры, но с дипломом магистра и зависит ли разница от сферы, в которой получены оба диплома?

Проверить различие баллов у магистра и бакалавра легко по считалке баллов на официальном сайте.

Смотрите таблицу баллов (canadakaknado. info Полезные ссылки Таблица баллов Express Entry) - разница будет между баллам за образование + мастер дает больше в разделе C. Skill transferability factors. Нужна ли вам магистратура или нет - это зависит от баллов, которые вы набираете по ЕЕ. Разница в баллах от области образования не зависит.