Если ехать в Варшаву через Вильнюс или другие страны с новым шенгеном ( Франции, Италии, Испании или другим)

До Вильнюса наземным?

В теории спросить могут на границе вообще что угодно. меня как то на латвийской границе спрашивали почему я в анкете указал литву, и только после моих слов что я учился в англ школе и Latvia и Lithuania перепутать ну никак не мог - пропустили. штампы ставят внутри ЕС в аэропортах.

Штампы всегда ставят только при пересечении первой страны Шенгена и при выезде из последней. Если зону Шенгена не покидаете, в остальных странах штампы не ставят. Если по визе не будет штампа той страны, через которую получали Шенген, это не грозит ничем, кроме того что при следующем повторном обращении за визой в эту страну, могут поставить на меньший срок. Но всегда можно обратиться за новой визой в другую страну, которая выдает лучше.