Кто недавно летал в Загреб или Варшаву, через Стамбул надо брать единый билет (из России вылет) или отдельно два - Москва-Стамбул и Стамбул-Варшава/Загреб?

Если есть возможность брать конечно единый. Вам не придётся тогда самим забирать багаж и снова регистрироваться на стойке регистрации.

Въезд в Польшу для россиян запрещен. Поездка за турвизой основанием для въезда не является. Единый билет - это прямой въезд из России в Польшу, есть риск, что не пустят на рейс. Точнее, Польша ожидает, что авиакомпания не пустит на рейс. Говорят, раньше турки иногда игнорировали этот момент, сейчас стали более строгими. Я бы не стал рисковать, С Загребом таких ограничений нет.