Как ехать из РФ в Молдову через Эстонию с белым паспортом. На российской границе показываешь российский паспорт, как обычно.

Меня с объявенными 2 паспортами пропускали.

Паспорт-то они аннулировать не могут. Вообще интересный вопрос, может ли что-то осложнить второе гражданство. Хотя я слабо представляю, что, скажем, с французско-российским гражданством могут не пропустить. Т. к. вопросы будут уже со стороны Франции.

У них нет причин спрашивать про второе гражданство, отсутсвие штампа не является нарушением пересечения границы. Никто об этом не спрашивает. Люди ездят с молдавским паспортом (с двойным гражданством) в Европу по тому же принципу. Выезд по паспорту РФ, въезд по молдавскому паспорту.