Подскажите, пожалуйста, если я хочу ввезти товар из США на территорию Киргизии а оттуда в Россию, будут таможенные пошлины и в России, и в Киргизии или только в одном месте?

Если вы растаможили в Кыргызстане, то считается, что вы растаможились по все территории Таможенного союза. Но надо также смотреть, какой именно товар. На некоторые позиции действуют отдельные условия.