Скажите, а если я возвращаюсь в Россию из Франции через Таллин и в Таллине хотела бы бы побыть один день, в данном случае тоже нельзя и нужен карантин?

Если вы резидент (или ещё лучше гражданин) страны ЕС где цифра новых заболевающих меньше 16 за день изо 100.000, тогда да. иначе разрешается только транзит, переночевать нельзя, надо прямо отправляться на границу.