подскажите пожалуйста выпустят ли из России через границу в Эстонию, чтобы уехать дальше в Германию? У меня гражданство РФ и ВНЖ Германии. Нужно ли разрешение на транзит от эстонских пограничников?

Это согласование, скорее, а не разрешение. Транзит в ЕС к месту жительства разрешен. Но написать им желательно.

Сегодня ровно с теми же документами наши выпустили, Эстонцы - пустили. Эстонцы проверили авиабилеты из Таллина. Разрешение полиции получали, но его не проверяли.