Подскажите, пожалуйста, автобусы lux с пересадкой в Нарве при задержке на границе, второй автобус уезжает по расписанию или они как то взаимосвязаны и ждут?

Долго ждать не будут, это же не индивидуальный трансфер, там еще пассажиры)). Уточните у водителя первого автобуса, если что - может быть пешком перейдёте. Если опоздаете из-за границы, Вас посадят на следующий рейс.