как проходит переход границы рф-эстония при двух паспортах? является ли паспорт Украины основанием для выезда из РФ? Мы из Крыма, имеем два паспорта. При покупке билетов в Таллин указали паспорт РФ, при возвращении паспорт Украины.

Основания для выезда не нужны. Какой паспорт укажете при покупке билета - ваш выбор, они оба действительные. При переходе на границе обычно нужно показать оба паспорта, в РФ основной - российский (но в нем нет визы, поэтому нужно пояснить, как дальше поедете), в Эстонии наоборот - основной украинский (только биометрический подходит), но могут заинтересоваться, где штамп о выезде из РФ. Не забудьте медстраховку.