Получается в Риги можно сделать транзит в зоне аэропорта до 12 часов и при этом сделать свой QR код, правильно?

Да. Код надо получить ДО въезда в Ригу.

У меня QR код проверяли недалеко от паспортного контроля, т. е. можно в принципе сидя в аэропорту все заполнить. Но когда мы летели из Греции сразу на входе стояли проверяльщики (тогда еще не было QR кода). Так что да, лучше заранее.