И чтобы выехать к отцу эстонцу в Эстонию, какие документы нужны? Свидетельство о рождении и копия его id подойдут?

Подойдут. Главное, чтобы по свидетельству о рождении было видно, что он действительно ваш отец. Но это больше женщин касается, которые меняют фамилии в течении жизни.