Если подавались на визу репатрианта в Израиль с супругом, по моей линии. Получили визы, а прилечу я сначала одна, будут ли какие-то вопросы и сложности?

Если у него нет права на репатриацию по еврейской линии, только право, как Вашего супруга, то вы попадаете на процедуру СТУПРО (см гугл) и это большой проблемой. Надо лететь вместе.