Подскажите, если я вылетаю с Тенерифе в СПб и у меня на этот момент уже закончилась виза и превышен срок прибывания 90 дней меня выпустит Испания и впустит Россия без проблем?

Если ваша виза (или срок пребывания) закончились в период алармы 15.03-22.06, то Испания выпустит и Россия впустит. Пока не было случаев, чтобы ставили нарушения кому-то.

А с чего РФ должны волновать ваши визовые нарушения (если вы гражданин РФ)?