Если у меня виза D (внж), транзитом через Финляндию в Нидерланды, есть только сертификат переболевшего с Госуслуг, меня пропустят?(+тест ПЦР, видимо)

Решение будут принимать на границе. Виза D - это не считается ВНЖ для РФ: поэтому для границы РФ при поездке на авто/автобусе вам нужно будет основание на выезд, например: работа, родственные связи и т. д. На поезде основания на выезд из РФ не нужны.