В посольстве можно подписать доверенность которая будет действовать в РФ? ведь документы подписанные эстонскими нотариусами не действуют на территории РФ, верно?

Доверенность можно сделать в консультсве. Желательно позвонить им по телефону и забронировать время, заодно расскажете, какая доверенность нужна. Доверенность от эстонского нотариуса действует, но придется лишние телодпивжения совершать по переводу любых иностранных слов на документе.