если сделать, например, французскую визу, но поехать через Эстонию, так получится?

Так многие и делают.

Я проехала с греческой в пятницу.

А Вы напрямую в консульство подавали или через визовый центр?

Центра два. Один на Марата- там финские дают. Остальные на Чкаловском на Пптроградской.