Скажите, пожалуйста, если я последние несколько лет жил не в России, справку о несудимости надо брать из страны последнего резидентства или страны, чей я гражданин РФ?

Из страны, в которой проживали, скорее всего потребуется справка о несудимости. Если проходите КП внутри Израиля, то, вероятно, только из этой страны и потребуется. Если в РФ, то и оттуда, и отсюда, как я полагаю.

Если жили в стране более 6 месяцев, нужна справка о несудимости из этой страны. Дополнительно к справке из РФ.