Подскажите, как долго длится вся процедура получения документов уже в самом Израиле? Консула в Москве прошёл. Просто слышал, что в разных городах длительность процедуры может быть разной.

Вас по факту никакие процедуры в разных городах не должны волновать!! Вы с визой репатрианта летите в Израиль, значит статус вам сменят в аэропорту там же выдадут то и запишут в больничную кассу!!! Далее вам в мвд за ТЗ.