Подскажите Ecolines расписание уже учтены задержки на границе? Рейс ночной Питер - Таллин. И какие подводные камни, если еду с ребёнком 3 лет?( или лучше не ехать таким вариантом, а границу пешком?

Частично учтены. А с ребёнком пешком - это и от вас зависит, и от ребёнка.

Да плюс минус учтены На сайте можно посмотреть как в реальности приезжал автобус в предыдущие дни, вот пример как приехал сегодня. У меня мама ехала ночным в июле, она приехала в 7.00.