Подскажите пожалуйста, если муж, гражданин ЕС по рабочей визе сейчас в РФ, 90 дней по визе у него истекают в определённое время, может ли он за месяц оставаться дольше в стране на несколько дней?

Оставаться больше срока действия визы нельзя. Летом и весной была другая ситуация, когда транспортное сообщение практически отсутствовало, поэтому разрешалось оставаться больше срока действия виз. Сейчас транспортное сообщение между странами налажено, вернуться можно без проблем.

По российской рабочей визе нет ограничения 90 из 180 дней пребывания. Если рабочая виза изначально была выдана однократной до 90 дней, то её можно продлить на территории рф путём вклейки годовой многократной. Вы с деловой/коммерческой визой не путаете?