Гражданство Эстонии и России (двойное). при выезде в питер, Будут ли проблемы на границе ? И нужно ли какие документы делать?

Не будет. Но это однократная поездка. По гражданству второму вас из рф один раз только выпустят.

По воздуху или к близким родственникам мать муж дети, неоднократно.