Подскажите, пожалуйста, если лететь через Афины с выходом в город на ночь, а на следующий день улететь в Ниццу, то это считается трансфером? Если да, то сколько по времени он может длиться?

Да, можете переночевать и сесть на рейс в Ниццу, нота Ницце будут снова проверять и тесты и паспорта(чтобы Вас не развернули из Ниццы обратно в Афины или Москву первым рейсом, Вам надо показать что вы делаете во Франции, покупка квартиры- не основание! Прокатываете только транзитный билет, купить поезд или автобус в Италию, автобус в Испанию, авиа в Женеву, что подойдёт по цене) и не говорите им, что планируете остаться во Франции.