паспортный контроль я прохожу в Москве, если лечу через Стамбул во Франкфурт, в Стамбуле нужно проходить паспортный контроль?

Нет.

Зависит от билетов. Если два отдельных билета, то придётся выйти из транзитной зоны.

Регистрируйтесь во Внуково сразу на оба рейса.

Если покупали Билеты по отдельности, стыковали сами, то нужно будет пройти заново.