Скажите, можно ли по российским водительским правам ездить по Эстонии на арендованном автомобиле?

Если в Эстонии арендуете, так можно уточнить в компании по аренде. Международные права делаются за 1 день, если что.

Вы можете управлять любым автомобилем соответствующей категории 6 месяцев ЕС.

Да, права в Эстонии действуют.