В каком порядке действовать в случае обмены прав в Эстонии - сначала менять потом восстанавливать в РФ или можно сначала сделать вторые потом старые обменять?

По идее двух прав быть не может, это тоже штраф. Но если Вы живете на ПМЖ в другой стране, то в РФ не должно быть штрафа, главное иметь доказательства вашего проживания за пределами РФ. Другой вопрос, что все это отдано на откуп чиновника. Но я восстановил в свое время российские права

Меняете права тут, возвращаетесь в РФ и делаете там по утере себе новые.