Подскажите пожалуйста, легитимно ли эстонское водительское удостоверение на территории России, если я являюсь гражданином России, но имею ВНЖ Эстонии?

Никто не знает.

Сошлись на том, что с эстонским номерами - да, а с российскими - нет. Но и это до первого гаишника вида "что сказал??? ".

Легитимно. Только необходим нотариально заверенный перевод на русский. Ну, и коммерческим извозом нельзя заниматься.