А если в РФ оформить брак, то как-то его легализовать в Эстонии надо?

Скорее всего. У меня не гражданин, просто внж, но в этот раз когда подавалась на визу, позвонили из консульства и попросили привезти оригинал св-ва о браке, т. к. в Эсти это нигде не фигурировало(хоть и не первая виза)