Переподаваться можно когда пройдет 90 дней или когда виза закончится? По сути же она будет больше недействительна, если прожить, скажем, лето 90 дней.

Когда виза закончится, 90 дней-это суммарный срок, который вы можете пребывать в италии в течение 6 -ти месяцев длительности вашей визы.

Так вы не можете находиться в зоне шенгена больше 90 дней из полугода.