Скажите пожалуйста, когда проверяют сертификат, только сверяют с паспортом или сканировали qr code ?

У всех по-разному как видите, все зависит от работника на которого вы попадёте. У нас только в Москве на стойке девушка посмотрела есть ли код или нет и больше нигде его не спрашивали, как и на обратном полете тоже нигде не спрашивали.

Только с паспортом.