Подскажите, пожалуйста, как я поняла, если в Эстонию только авиа, то обратно в РФ из Таллина можно на автобусе LuxExpress? И ещё вопрос - анкету пребывающего можно заранее за несколько дней заполнить?

Можно, но не сильно заранее а накануне.

Граждане РФ могут свободно возвращаться в РФ любым путём. Анкета на госуслугах перед въездом, и, если нет российской вакцинации, тест после въезда сделать и прикрепить в ту же анкету.