Смогу ли улететь с греческим шенгеном в Нидерланды? посадят ли меня на самолет Афины-Амстердам? Или при внутренних перелетах по ЕС не придираются к паспортам? У меня российский.

Афины-Амстердам посадят. Но в Амстердаме под соусом транзита в другую страну только можно, то есть показывать в Амстердаме билеты на другой рейс. Рейсы через один встречает полиция с проверкой.

Можно купить жд билет Амстердам-Брюссель и показать в случае чего полиции в качестве доказательства транзита. Этого достаточно.