есть ли смысл идти по Сванетии в конце сентября с ночевками в хостелах/гестах? а то вот один оператор не советует, говорит погода портится.

Доброго! Смотря, что вы хотите получить от треккинга и какой маршрут выберите. В конце сентября может уже и снег выпадать, может быть сильно неприятно. Если остановки на переждать погоду вас не смущают и нет ожиданий легкой прогулки, то почему нет, осенью очень красиво.