Я работаю как российский ИП на испанскую компанию ( договор фриланса получается, но долгосрочный).

Как вариант - ВНЖ Сербии/ЧГ, и подаваться в Сербии.

1. для оформления визы надо либо возвращаться в РФ, либо ехать в другую страну, где можно оформить внж и там подаваться на д7 у Португальцев 2. по тур визе податься можно (точнее сказать, виза для сэф на имеет значения), но если делать это изнутри Португалии, будете ждать два года. 3. ниф получить можно удаленно, счет /скорее всего/ не открыть никак.

Вы можете подаваться на визу D только из страны гражданства или постоянного проживания.