Подскажите, пожалуйста. Если я еду в Таллин, а оттуда в тот же день рейс в Рим - пограничникам лучше все как есть сказать? Или лучше не говорить, что транзитом в Эстонии?

Правду всем говорите, ограничения то сняли.

Сказать, что едете дальше и куда, но не говорить само слово транзит.

Правду и скажите. Могут попросить билеты и спросить где бкдите жить.

А что тут скрывать? Если у вас есть билет туда и обратно, так и говорите.