А поделитесь информацией как в Португалии/Лисабоне принято платить за квартиру? Напрямую на банковский счет? По IBAN? Как относятся если платежи будут не из EU?

Как договоритесь, а договоритесь Вы по закону — все платежи прозрачны, на счёт в банке. Это на пользу и арендодателю, и арендатору. Откуда будут платежи — не принципиально, но, конечно, желательно, чтобы это был счёт, принадлежащий арендатору. А то, формально, платежи от кого-то — доход арендатора, с которого надо бы платить налоги.