Готовлюсь к поступлению в Эстонии, для этого надо оплатить application fee.

Вы, наверное, сможете приехать в Эстонию и оплатить в самом вузе. Если есть виза, конечно.

Свифт переводы до сих пор не ограничены, по крайней мере в Сбере и Тинькоффе. Думаю, оплатить можно ими.