Скажите, где документально указаны причины почему погранконтроль с шенгеном и прививкой, но при отсутствии оплаченного лечения или спа, откажется меня выпустить?

Вы путаете тёплое с мягким. Для въезда в Эстонию турист должен быть вакцинирован. Для выезда из РФ сухопутно у вас должно быть одно из оснований по 763 распоряжению. Лечение - одно из оснований.