А если старые визы остались в старом паспорте и подаю новый пустой, они увидят по базам, что у меня уже были шенгены?

Можно подать копию старого вместе с новым.

Никаких баз нет, не показываете старый паспорт или хотя бы копии старых виз - ставят так, будто виз никогда не было.

Подаете старый с визой обязательно!

Вам нужно показать два паспорта — один действующий без визы, второй старый, но с визой. У меня такая ситуация была в 2016 году, перед поездкой позвонил в консульство, чтобы уточнить информацию.