Скажите, пожалуйста, какой алгоритм прохождения автомобильной эстонской границы в сторону России? Надо ждать смску и с ней сразу ехать к светофору у границы?

Да.

Смс не приходит, лучше ждать в отстойнике, потом на светофор и там лучше уточнить у впереди стоящих машин, как они стоят? Их уже вызвали или просто там ждут смс.