Я правильно понимаю, что ко всем документам можно приложить мотивационное письмо? Это будет плюсом? Или это только в особых случаях нужно прикладывать?

В нестандартных случаях, например, вы едете "огородами", приложить маршрутный лист с пояснением, что в связи со сложившейся ситуацией в авиасообщении, стоимости билетов и т. д.

Да, правильно поняли. Это большой плюс. Считайте, что это вместо собеседования, как заочное общение с живым человеком.