Нужно вылететь из Барселоны в Москву. На руках два паспорта ( знаю, что нельзя).

А почему не лететь спокойно, как это было всегда? Авиакомпании показываем 2 паспорта (при оформлении чемоданов и посадочного талона). Испанским пограничникам показываем испанский паспорт. По прилёту в Шереметьево русский. Сразу экспресс тест и загрузить через гос. услуги результат. .

Действительно ли нельзя в Вашем конкретном случае это ещё под вопросом, а так, через автоматический гейт проходили люди в аэропорту Барселоны, было сообщение об этом - поищите в этом чате на слово DNI, а то бот мне не даёт запостить тут ссылку на сообщение.