А если въехать в Эстонию по спа и улететь на месяц отдыхать. Потом возвращаться через Эстонию можно?

Вы в Эстонию по спа не въезжаете. Вы из России по спа выезжаете.

Смотря что вы говорите при въезде эстонцам. Спа-то для наших нужно. если скажете эстонцам - еду на месяц, цель - туризм, вот билеты, обратно тогда-то вернусь - проблем не будет никаких. Главное, про спа на день не врать.