И всё-таки у меня опять вопрос по этому основанию( извините, если туплю) : едем по ВНЖ ребенка в Германии.

Нашим говорить ничего не нужно про маршрут (им это неинтересно, как поедете, они и не спросят) - для них важно только копии документов по п. 19 предоставить - ВНЖ ребенка в Германии и его свидетельство о рождении. Этого достаточно, чтобы из РФ выпустили по земле. Если наши спросят, то можно конечно сказать, что едете в Германию через Таллин, ничего страшного от этого не случится, но на 99% такого вопроса от пограничников РФ просто не будет.