Правильно ли я понимаю, что виза D3 в Португалии даёт право 2 въездов, т.е. до момента подачи в SEF я могу 1 раз выехать/въехать, тогда как после подачи в SEF и до получении карты выезжать нельзя?

Виза дает право двух въездов. Но если подача документов в SEF была до завершения срока визы, то, насколько я знаю, выехать и въехать по визе еще можно (1 раз) Вроде бы нет запрета на вьезд пока виза действует.