можно ли с однократной итальянской визой проехать через Литву?

Можно, а что вам мешает? Покажите сделанный билет на самолет до милана и там бронь отеля и спокойно пропустят.

Можно, с большой вероятностью вообще молча штампанут паспорт и ничего не спросят кроме отпечатка пальца.