Скажите из какого города лучше и ближе добраться до Таллина, чтобы улететь оттуда и как там на контроле сын будет лететь один?

Зачем туда? Проще Москва - Минск - Вильнюс - Париж 10-20 тысяч выйдет. Москва Минск на самолёт 1799₽ стоили билеты Автобус тоже около того.