Кто-то может подсказать, можно ли подаваться на финскую визу в СПБ, будучи зарегистрированным в Мск? Или только в Мск?

Можно.

Лучше не стоит, а то будут очереди на границе .

В любом регионе.

Ну если я не ошибаюсь, в спб можно подавать по регистрации в северо-западном округе. По упрощённой системе, которая действует в спб.