Кто может подсказать, если мы прилетели на южный Кипр, а улетим с Северного, что за это может быть?

Может в следующий раз визу на Южный не дадут, нарушение визового режима. Но через пару лет все спишется.

Говорят что лучше так не делать)

Шенген с этим паспортом вы больше не получите, нарушение визового режима серьезная штука, если кто внимательно паспорт ваш посмотрит на любой границе потом проблемы могут быть. Если влетели на юг с него и вылетайте.