Правильно ли я поняла,в Португалии к режиму NHR можно присоединиться только в первый год после получения первой резеденции, дальше уже поезд ушел?

Никакой связи между получением NHR и подтверждением профессии. А получать - да, надо было сразу, в первый год.

NHR получить - это просто две кнопки нажать в Finanças. Но - не позднее 31 марта года, следующего после получения нал резиденции Пт Подтверждать профессию, возможно, нужно будет потом - когда вы в декларации будете свой доход подводить под NHR. Если налоговая потребует. Т. е. можно иметь статус NHR, но не получить льготную ставку если налоговая не признает профессию как High Value Added.